A forma como as aves se orientam durante as migrações ainda não está totalmente compreendida.
De várias experiencias científicas realizadas, existem muitas evidências que apontam para a existência de um programa espacio-temporal inato em muitas espécies de aves migradoras, capaz de guiar os juvenis que nunca migraram para o local de invernada, sem a ajuda dos adultos.
As cegonhas-brancas inexperientes são capazes de usar a luz solar e detectar o campo magnético terrestre (magnetorecepção), usando-os como mapa de partida, sobre o qual navegam e a partir do qual criam o seu próprio mapa mental. É possível que usem também informação que herdaram geneticamente.
Contudo, factores ambientais também influem, visto que as rotas de migração são mais semelhantes entre grupos de indivíduos no mesmo ano, do que entre anos.
A teoria actual sugere que os indivíduos inexperientes partem das áreas de nidificação voando numa certa direcção ‘de compasso’ e que ao fim de algum tempo, alteram a direcção da rota se necessário.
Todavia, verifica-se que o estímulo de seguir coespecíficos domina sobre a orientação inata e que as cegonhas-brancas juvenis migram em grandes bandos com indivíduos adultos mais experientes. Assim, aquelas apenas raramente têm que usar os seus mecanismos de orientação inatos.